El programa CEIMES desarrolla un plan de investigación y de transferencia de resultados sobre el patrimonio científico y educativo custodiado en los seis Institutos de Enseñanza Secundaria más antiguos de Madrid para protegerlo y revalorizarlo, particularmente en los tres que tienen un mayor patrimonio histórico previo a la guerra civil, como es el caso de los institutos de San Isidro, Cardenal Cisneros,  Isabel la Católica y Cervantes.

Entre otros muchos contenidos cuenta con un Museo Virtual donde se muestra el patrimonio arquitectónico y material de los institutos madrileños históricos de enseñanza secundaria, un importante legado cultural que ha llegado hasta nosotros. Darlo a conocer, difundirlo y, en la medida de lo posible, reutilizarlo, dándole un nuevo uso, reinterpretándolo o reintroduciéndolo en la pedagogía contemporánea de la enseñanza de las ciencias, son los objetivos de este museo virtual.